En bref
- Un arrêt prolongé demande un suivi RH des droits du salarié et de l’organisation du travail
- Le contrat de travail est suspendu, pas rompu : le poste doit être préservé
- La visite de reprise dépend du motif et de la durée de l’arrêt ; lorsqu’elle est requise, elle est organisée au plus tard 8 jours après la reprise
- En cas d’impossibilité de reprise, la procédure d’inaptitude peut être engagée
- La contre-visite médicale reste le levier direct de l’employeur pour vérifier la légitimité de l’arrêt
- Depuis la loi du 22 avril 2024, le salarié acquiert des congés payés même en arrêt maladie
Ce que change un arrêt de longue durée
Un arrêt maladie de longue durée (généralement au-delà de 6 mois) modifie significativement la relation employeur-salarié. Si le contrat reste en vigueur, les conséquences organisationnelles et financières deviennent lourdes : remplacement temporaire, réorganisation des équipes, maintien de salaire selon la convention collective.
Pour l’entreprise, la question centrale est : comment concilier continuité de l’activité et respect des droits du salarié ? La réponse passe par une gestion rigoureuse, étape par étape.
Vos obligations pendant l’arrêt
Pendant toute la durée de l’arrêt, vous devez maintenir le contrat de travail. Concrètement, cela signifie que le poste du salarié (ou un poste équivalent) doit rester disponible. Vous ne pouvez pas le supprimer ni le pourvoir de manière définitive.
| Obligation | Détail | Durée |
|---|---|---|
| Maintien de salaire | Compléments aux IJSS selon convention | 30 à 90 jours selon ancienneté |
| Mutuelle | Maintien de la couverture complémentaire | Toute la durée de l’arrêt |
| Prévoyance | Relais des IJSS par la prévoyance collective | Selon contrat de prévoyance |
| Congés payés | Acquisition maintenue (loi du 22/04/2024) | Toute la durée de l’arrêt |
Le remplacement du salarié absent
Vous pouvez recruter un CDD de remplacement (article L.1242-2 du Code du travail). Le contrat doit mentionner le nom du salarié remplacé et son motif d’absence. Il prend fin automatiquement au retour du titulaire, avec un délai de prévenance raisonnable.
En cas d’arrêt très long, certaines entreprises optent pour l’intérim ou la redistribution interne des tâches. Cette dernière option, si elle est mal gérée, peut entraîner une surcharge des équipes et alimenter le cercle vicieux de l’absentéisme.
Quand la visite de reprise est-elle requise ?
Selon l’article R. 4624-31 du Code du travail, vérifié le 13 octobre 2026, l’examen de reprise est prévu après une maladie professionnelle quelle que soit sa durée, un accident du travail d’au moins 30 jours ou une maladie ou un accident non professionnel d’au moins 60 jours. Quand il est requis, l’employeur saisit le service de prévention et de santé au travail, qui l’organise le jour de la reprise ou au plus tard dans les 8 jours. Une dispense encadrée existe pour certains arrêts délivrés depuis le 15 juin 2026 après une préreprise récente, sauf demande contraire du médecin du travail, de l’employeur ou du salarié.
Point essentiel
Vérifiez d’abord si la visite est requise dans le cas précis. Si elle l’est, saisissez le service de prévention et de santé au travail dès que la date de fin d’arrêt est connue et conservez la trace de cette démarche.
Visite de pré-reprise : anticiper l’inaptitude
La visite de pré-reprise est possible dès que l’arrêt dépasse 30 jours et peut être demandée par le salarié, le médecin traitant ou le médecin-conseil de la CPAM, mais aussi par l’employeur, qui peut solliciter le service de santé au travail. Elle n’est pas obligatoire mais stratégiquement précieuse.
Elle permet au médecin du travail d’évaluer en amont les capacités résiduelles du salarié et de proposer :
- Un aménagement de poste (horaires, charge, ergonomie)
- Un mi-temps thérapeutique (voir notre guide)
- Une formation / reconversion professionnelle interne
Bon réflexe employeur
Sollicitez la visite de pré-reprise à partir du 4e mois d’arrêt pour qu’elle ait lieu avant le 6e mois. Vous aurez le temps d’aménager le poste avant le retour effectif, et vous démontrerez votre bonne foi en cas de contentieux.
Quand l’inaptitude se profile
Si le médecin du travail constate que le salarié ne peut pas reprendre son poste, il peut rendre un avis d’inaptitude. Cela déclenche votre obligation de reclassement, puis éventuellement une procédure de licenciement pour inaptitude.
| Étape | Action employeur | Délai |
|---|---|---|
| 1. Avis d’inaptitude | Réception du document médecin du travail + consultation CSE si ≥11 salariés | Dès réception |
| 2. Recherche reclassement | Étude de tous les postes disponibles dans l’entreprise et le groupe (art. L.1226-2 CT) | 1 mois à compter de l’avis |
| 3. Proposition ou impossibilité | Proposer un poste adapté OU justifier l’impossibilité par écrit (art. L.1226-2-1 CT) | 1 mois |
| 4. Licenciement possible | Si refus du salarié OU impossibilité avérée → convocation entretien préalable | Après 1 mois sans reprise |
| 5. Indemnités spécifiques | Indemnité légale doublée en inaptitude d’origine professionnelle (AT/MP), art. L.1226-14 CT | Au moment du licenciement |
⚠️ Attention : l’inertie est risquée
Si vous n’avez pas proposé de reclassement ni licencié dans le mois suivant l’avis d’inaptitude, vous devez reprendre le versement du salaire (art. L.1226-4 CT). Cette obligation peut représenter plusieurs mois de charges non compensées.
Congés payés et arrêt maladie : calcul, report et reprise
Un salarié acquiert des congés payés pendant un arrêt maladie, même sans origine professionnelle. Pour la paie, il faut distinguer les jours acquis pendant l’arrêt, les jours déjà acquis que la maladie empêche de prendre et la date de fin de leur report. Les règles ci-dessous concernent les salariés du secteur privé. Elles ont été vérifiées le 13 octobre 2026 dans le Code du travail.
| Origine de l’arrêt | Congés acquis pendant l’arrêt | Fondement |
|---|---|---|
| Maladie ou accident non professionnel | 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence au titre de ces absences. | Articles L. 3141-5, 7°, et L. 3141-5-1 |
| Accident du travail ou maladie professionnelle | 2,5 jours ouvrables par mois, selon la règle générale, sans l’ancienne limite d’un an d’arrêt. | Articles L. 3141-3 et L. 3141-5, 5° |
Exemple de calcul. Huit mois complets de maladie non professionnelle situés dans la même période de référence donnent 16 jours ouvrables acquis au titre de l’arrêt (8 × 2). Huit mois d’arrêt d’origine professionnelle donnent 20 jours (8 × 2,5). Le solde annuel dépend aussi des jours acquis hors arrêt, des dates de la période de référence et de dispositions conventionnelles plus favorables. L’indemnité de congés payés se calcule ensuite selon les règles de l’article L. 3141-24 : pour la méthode du dixième, la rémunération associée à la maladie non professionnelle n’est prise en compte qu’à 80 %.
Quand commence le report de 15 mois ?
Si la maladie empêche de prendre des congés acquis, l’article L. 3141-19-1 prévoit un report de 15 mois. En règle générale, il commence quand le salarié reçoit, après sa reprise, l’information de l’employeur sur ses droits. Exception importante pour les arrêts longs : si le contrat est suspendu depuis au moins un an à la fin de la période de référence, le report des jours acquis pendant l’arrêt commence dès cette fin de période. Si le salarié reprend avant son terme, le délai restant est suspendu jusqu’à l’information prévue par l’article L. 3141-19-3 (article L. 3141-19-2). Un accord collectif peut prévoir une durée plus favorable. Il serait donc faux de dater systématiquement tous les reports de la reprise.
À faire au retour du salarié
Dans le mois qui suit la reprise, communiquer le nombre de jours disponibles et la date limite pour les prendre, par un moyen donnant date certaine à la réception, notamment le bulletin de paie (article L. 3141-19-3). Vérifier séparément chaque période de référence avant d’arrêter le solde. Un arrêt maladie notifié pendant des congés déjà posés ouvre aussi droit au report des jours concernés selon la Cour de cassation (10 septembre 2025, n° 23-22.732).
Demandes concernant les arrêts antérieurs à avril 2024
L’article 37, II, de la loi du 22 avril 2024 applique notamment l’acquisition au titre de la maladie non professionnelle à la période commençant le 1er décembre 2009, sous réserve des décisions de justice définitives et des stipulations plus favorables. Pour cette période passée, les jours supplémentaires sont plafonnés de façon que le salarié ne dépasse pas 24 jours ouvrables par période de référence, après prise en compte des jours déjà acquis. Le texte prévoit aussi un délai de forclusion de deux ans à compter de son entrée en vigueur pour l’action en exécution du contrat visant l’octroi de ces jours. Ce délai ne se transpose pas automatiquement à toute demande après rupture : qualifier la demande, le contrat et les périodes avant de conclure.
Lecture RH : rapprocher les arrêts, les compteurs de congés et les périodes de référence, puis documenter le calcul et la notification au retour. Pour un arrêt prolongé, consultez aussi notre page sur la gestion RH d’un arrêt maladie prolongé. La contre-visite médicale répond à une autre question, celle de la justification de l’arrêt lorsque l’employeur verse un complément de salaire ; elle ne supprime pas les droits à congé acquis.
Sources officielles consultées le 13 octobre 2026 : Code du travail, L. 3141-5, L. 3141-5-1, L. 3141-19-1, L. 3141-19-2, L. 3141-19-3, L. 3141-24 ; loi n° 2024-364, article 37 ; Cass. soc., 10 septembre 2025, n° 23-22.732.
Coût réel d’un arrêt longue durée pour l’employeur
Un arrêt de 6 mois sur un poste à 35 000 € brut annuel représente un coût employeur souvent sous-estimé. En cumulant maintien de salaire, charges patronales, coûts de remplacement et perte de productivité, l’impact dépasse rarement ce qu’un contrôle médical précoce aurait permis d’éviter.
| Poste de coût | Détail | Estimation (6 mois, salaire 35k) |
|---|---|---|
| Maintien de salaire | Complément employeur sur 90 j max (selon CC), après déduction IJSS CPAM (~50% salaire brut) | 2 200-4 500 € |
| Mutuelle maintenue | Part patronale maintenue pendant toute l’absence | 400-900 € |
| Coût de remplacement | CDD + frais de recrutement + formation + perte de savoir-faire | 8 000-20 000 € |
| Congés payés acquis | 12 jours à provisionner (maladie non pro, 6 mois × 2j/mois) | 1 100-1 700 € |
| Perte de productivité | Surcharge équipe, délais allongés, qualité dégradée, difficile à chiffrer | 3 000-10 000 € |
Pour aller plus loin sur la mesure financière, consultez notre guide : calcul du taux d’absentéisme et indicateurs complémentaires.
Observatoire Ipsos 2026, les arrêts longs en hausse
Selon l’Observatoire de la performance sociale Ipsos 2026, le taux d’absentéisme moyen en France atteint 4,98 %, avec 37 % des salariés absents au moins une fois dans l’année et une durée moyenne de 21,1 jours. Les cadres et les 25-34 ans enregistrent une hausse marquée des arrêts longs, contrairement à la tendance historique. Cette évolution renforce l’intérêt d’une contre-visite médicale précoce sur les arrêts qui se prolongent.
Le contrôle médical patronal
Face à un arrêt qui se prolonge, la contre-visite médicale reste votre levier principal. Elle est d’autant plus pertinente sur les arrêts longs, où le coût cumulé du maintien de salaire peut dépasser plusieurs dizaines de milliers d’euros.
Le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 a renforcé les prérogatives de l’employeur en matière de contrôle. Vous pouvez désormais mandater un médecin contrôleur à tout moment de l’arrêt, sans délai de carence minimum, et ce sans limitation du nombre d’interventions sur un même arrêt (dans le respect du principe de proportionnalité).
Sur les arrêts longs : quand déclencher ?
- Dès le 2e mois si l’arrêt est inattendu ou contestable
- Avant la visite de pré-reprise pour objectiver la situation médicale
- En cas de prolongation répétée sans évolution clinique visible
Arrêts répétitifs sur longue durée : quand et comment agir ?
Un salarié peut enchaîner des arrêts courts successifs qui, cumulés, équivalent à une longue durée d’absence sans jamais déclencher les protections propres aux arrêts « longue durée » (visite de reprise >30j, inaptitude, etc.). Cette situation est distincte mais tout aussi coûteuse, et elle ouvre des droits différents pour l’employeur.
| Situation | Qualification | Levier employeur |
|---|---|---|
| 1 arrêt continu >6 mois | Arrêt longue durée classique | Contre-visite + visite de pré-reprise + procédure inaptitude |
| Arrêts courts répétés (>3 en 12 mois) | Absentéisme chronique | Licenciement pour désorganisation (double condition cumulée) |
| Prolongations successives d’un même arrêt | Un seul arrêt juridiquement | Contre-visite à chaque prolongation si doute ; procédure inaptitude si >12 mois |
| Arrêt + déplacement hors domicile | Incompatibilité à vérifier | Contre-visite au nouveau domicile si salarié en déplacement (décret 2024-692) |
Pour les arrêts répétés, la méthode Bradford (F² × D, où F = fréquence et D = durée totale en jours) reste l’indicateur RH de référence pour objectiver la pénalisation opérationnelle. Un score >450 sur 52 semaines signale généralement un absentéisme critique nécessitant une action structurée. Voir notre guide sur l’absentéisme abusif.
Jurisprudence clé, désorganisation
La Cour de cassation exige la réunion de deux conditions cumulatives pour valider un licenciement pour désorganisation liée aux absences répétées : (1) perturbation réelle du fonctionnement de l’entreprise ; (2) nécessité de pourvoir définitivement au remplacement du salarié (Cass. soc. 13 mars 2001, n° 99-40.110 ; Cass. soc. 16 septembre 2009, n° 08-41.879, sur la preuve d’un remplacement définitif par CDI proche du licenciement).
Protocole de retour au travail après un long arrêt
Le retour d’un salarié après 6+ mois d’absence est une étape critique. Mal géré, il peut conduire à une rechute rapide, et à un deuxième arrêt, plus long, avec un risque d’inaptitude accru. Un protocole structuré réduit ce risque et démontre votre bonne foi en cas de contentieux.
| Étape | Action RH | Base légale / bonne pratique |
|---|---|---|
| J-15 avant retour | Contact préparatoire : valider la date de retour, identifier les aménagements | Recommandation ANI QVT 2013 |
| J0 : visite de reprise | Organiser la visite auprès du service de santé au travail dans les 8 jours (art. R.4624-31 CT) | Selon R. 4624-31 : toute maladie professionnelle, AT ≥30 jours, maladie ou accident non professionnel ≥60 jours ; dispense encadrée possible |
| J0-J5 : entretien de retour | Entretien manager + RH : état des projets, questions de retour, charge prévisionnelle | ANI QVT, réduit le risque de rechute selon l’INRS |
| J1-J30 : montée en charge | Mi-temps thérapeutique si prescrit, aménagement du poste si recommandé | Arts. L.323-3 CSS et R.4624-34 CT |
| Information congés payés | Remettre par écrit le solde de CP acquis + délai de report (15 mois) | Art. L.3141-19-1 CT, obligation loi 22 avril 2024 |
| J30-J90 : suivi post-retour | Point RH à 30j et 90j : charge, état de santé perçu, ajustements | Bonne pratique QVCT, critère audité en cas de contentieux |
Entretien de retour : 3 questions à ne jamais poser
L’entretien de retour est un moment d’écoute RH, pas un interrogatoire. Évitez : (1) « Pourquoi étiez-vous absent ? », vous n’avez pas accès au diagnostic médical ; (2) « Êtes-vous vraiment apte à travailler ? », c’est le médecin du travail qui statue ; (3) « Vos absences ont coûté X à l’entreprise », risque de discrimination.
Pour aller plus loin
Questions fréquentes
Peut-on licencier pendant un arrêt longue durée ?
Oui, mais uniquement si l’absence prolongée désorganise l’entreprise ET nécessite un remplacement définitif. Ces deux conditions doivent être cumulées et démontrées (Cass. soc. 13/03/2001, n° 99-40.110). La maladie elle-même ne peut jamais être le motif du licenciement, ce serait une discrimination prohibée par l’article L.1132-1 du Code du travail.
Le salarié acquiert-il des congés pendant l’arrêt ?
Oui. La maladie non professionnelle ouvre droit à 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence au titre de l’arrêt ; l’AT/MP relève de la règle générale de 2,5 jours. Le report de 15 mois commence normalement après l’information reçue au retour, mais peut débuter à la fin de la période de référence en cas d’arrêt d’au moins un an à cette date (articles L. 3141-5-1 et L. 3141-19-1 à L. 3141-19-3 du Code du travail).
La visite de pré-reprise est-elle obligatoire ?
Elle n’est pas obligatoire mais fortement recommandée pour les arrêts de plus de 30 jours. Elle permet d’anticiper les aménagements de poste nécessaires et de réduire le risque d’inaptitude constatée lors de la visite de reprise. Elle peut être sollicitée par le salarié, le médecin traitant, le médecin-conseil CPAM ou l’employeur.
Peut-on mener plusieurs contre-visites sur un même arrêt longue durée ?
Une nouvelle contre-visite peut être envisagée si la situation a changé ou si une prolongation pose une question précise. Le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 ne fixe pas de calendrier périodique : documentez le motif de chaque demande et évitez les contrôles répétitifs sans justification.
L’entretien de retour au travail est-il obligatoire ?
L’entretien de retour n’est pas obligatoire au sens strictement légal, mais il est fortement recommandé par l’ANI QVT du 19 juin 2013 et peut être imposé par votre convention collective. En cas de contentieux pour harcèlement ou manquement à l’obligation de sécurité, l’absence d’entretien de retour peut être retenue comme preuve de défaillance de l’employeur.
Que faire si le salarié refuse de passer la visite de reprise ?
Lorsque la visite de reprise est requise, l’employeur saisit le service de prévention et de santé au travail. Si le salarié ne se présente pas, recherchez d’abord le motif de l’absence et coordonnez une nouvelle date avec le service. Les conséquences disciplinaires dépendent des circonstances ; elles ne sont pas automatiques.
L’employeur doit-il maintenir le salaire au-delà de 90 jours ?
Non, à partir de la fin de la période de maintien légal (30 à 90 jours selon l’ancienneté, conformément à l’article L.1226-1 CT), l’employeur n’est plus tenu de compléter les IJSS. Le salarié ne perçoit plus que ses indemnités journalières de la Sécurité sociale, auxquelles peut s’ajouter la prévoyance collective si elle le prévoit. Certaines conventions collectives prévoient un maintien plus long, à vérifier pour votre secteur.
Peut-on modifier le contrat de travail pendant un arrêt longue durée ?
Non. Pendant la suspension du contrat, toute modification unilatérale par l’employeur est nulle (Cass. soc. 16/06/1998). Une modification substantielle (poste, rémunération, horaires) nécessite l’accord exprès du salarié. En pratique, les aménagements sont négociés à la reprise, lors de la visite de reprise ou dans le cadre d’un avenant signé des deux parties.
Quand déclencher une contre-visite médicale sur un arrêt de longue durée ?
Il n’existe pas de délai minimum légal. Sur un arrêt long, l’intervention est pertinente dès le 2e mois si l’arrêt est contestable ou inattendu. Elle peut être répétée en cas de prolongation sans évolution clinique avérée. Le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 n’impose aucune limite au nombre de contrôles, sous réserve de proportionnalité. Un médecin contrôleur indépendant peut être mandaté à tout moment de l’arrêt.