Le contrôle de l’arrêt maladie d’un fonctionnaire obéit à un régime spécifique, distinct du secteur privé. Ici, pas de contre-visite médicale employeur classique : les agents publics — titulaires comme contractuels — dépendent d’un médecin agréé désigné par l’administration, de comités médicaux et de conseils médicaux dont les règles sont fixées par les décrets du 14 mars 1986 et du 17 janvier 1986. Ce guide récapitule les règles applicables aux trois versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), les motifs de sanction et les différences essentielles avec le privé.
En bref — contrôle d’arrêt maladie dans la fonction publique
- Le contrôle est exercé par un médecin agréé désigné par l’administration (décret n° 86-442 du 14 mars 1986 pour la FPE).
- Les trois versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière) appliquent des règles proches mais distinctes.
- Le refus de contrôle ou la fraude expose à des sanctions disciplinaires et à la suspension du traitement.
- Pour les arrêts longs, le conseil médical (ex-comité médical, réformé en 2022) examine la situation avant l’octroi d’un congé de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD).
- Contrairement au privé, pas de contre-visite employeur classique : l’administration agit par voie statutaire.
Cadre juridique : trois versants, trois textes de référence
Depuis l’ordonnance n° 2021-1574 du 24 novembre 2021 et sa codification, l’essentiel du droit disciplinaire et des congés maladie figure dans le Code général de la fonction publique (CGFP), entré en vigueur au 1er mars 2022. Il reprend les règles auparavant réparties entre la loi 83-634 (statut général), la loi 84-16 (FPE), la loi 84-53 (FPT) et la loi 86-33 (FPH).
Les règles de contrôle d’arrêt restent principalement régies par des décrets spécifiques à chaque versant :
- Fonction publique d’État (FPE) — décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des comités médicaux et à la protection sociale des fonctionnaires de l’État.
- Fonction publique territoriale (FPT) — décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 (modifié).
- Fonction publique hospitalière (FPH) — décret n° 88-386 du 19 avril 1988 (modifié).
- Agents contractuels — décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 pour la FPE (équivalents FPT et FPH).
Qui contrôle ? Le rôle du médecin agréé
Dans la fonction publique, le contrôle des arrêts maladie est exercé par un médecin agréé, désigné par l’autorité administrative à partir d’une liste établie par le préfet (art. 1er et 2 du décret 86-442). Ce médecin est indépendant de la Sécurité sociale — à la différence du secteur privé, où la CPAM peut intervenir via le médecin conseil, et où l’employeur peut aussi mandater un médecin contrôleur via une société spécialisée.
Le médecin agréé peut être saisi par l’administration employeur à plusieurs moments :
- à l’entrée dans la fonction publique, pour vérifier l’aptitude à exercer ;
- lors d’un arrêt maladie, pour vérifier la réalité de l’incapacité ;
- avant l’octroi d’un congé de longue maladie ou de longue durée ;
- pour apprécier l’aptitude à la reprise de fonctions.
Le médecin agréé transmet son rapport à l’administration. Si ses conclusions divergent de celles du médecin traitant, le dossier peut être soumis au conseil médical.
Le conseil médical : instance clé pour les arrêts longs
L’ordonnance n° 2020-1447 du 25 novembre 2020 et le décret n° 2022-350 du 11 mars 2022 ont fusionné les anciens comité médical et commission de réforme en une instance unique : le conseil médical. Il siège en formation restreinte (cas simples) ou en formation plénière (accident de service, maladie professionnelle, congés longue durée, mise à la retraite pour invalidité).
Le conseil médical est compétent notamment pour :
- la prolongation d’un congé de maladie ordinaire (CMO) au-delà de 6 mois consécutifs ;
- l’octroi et le renouvellement d’un congé de longue maladie (CLM) — maximum 3 ans, dont 1 an à plein traitement ;
- l’octroi et le renouvellement d’un congé de longue durée (CLD) — maximum 5 ans pour certaines affections (tuberculose, maladie mentale, cancer, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis), dont 3 ans à plein traitement ;
- la reconnaissance de l’imputabilité au service d’une maladie ou d’un accident ;
- la mise en disponibilité d’office pour raisons de santé ;
- la retraite pour invalidité.
Déroulement d’un contrôle : convocation, visite, conclusions
Lorsque l’administration souhaite faire contrôler un fonctionnaire en arrêt, elle saisit un médecin agréé qui convoque l’agent à son cabinet. La convocation est adressée par courrier recommandé ou remise contre récépissé. L’agent est tenu de se présenter, sauf impossibilité médicalement justifiée.
Le médecin agréé examine l’agent, prend connaissance du dossier médical et rend un rapport. Trois issues sont possibles :
- Confirmation de l’arrêt : aucune conséquence sur le traitement, l’agent poursuit son congé.
- Aptitude à la reprise : l’agent est convoqué à reprendre son poste à une date fixée ; un refus de reprise peut entraîner retenue sur traitement et sanctions disciplinaires.
- Désaccord médecin traitant / médecin agréé : l’affaire est renvoyée au conseil médical qui tranche.
Sanctions : retenue sur traitement et discipline
Le fonctionnaire qui refuse de se soumettre au contrôle d’un médecin agréé, qui se soustrait à une convocation, ou qui produit un arrêt injustifié, s’expose à plusieurs types de sanctions :
- Interruption du versement du traitement dès constatation de l’absence injustifiée (position irrégulière). Le traitement n’est repris qu’après régularisation de la situation.
- Sanctions disciplinaires prévues par le Code général de la fonction publique (avertissement, blâme, exclusion temporaire, rétrogradation, mise à la retraite d’office, révocation selon le groupe de sanctions applicable).
- En cas de fausse déclaration ou fraude caractérisée : poursuites pénales possibles (escroquerie, art. 313-1 du Code pénal).
Le Conseil d’État a rappelé à plusieurs reprises que l’administration ne peut prononcer ces sanctions qu’après une procédure contradictoire garantissant les droits de la défense (CE, 17 avril 2013, n° 348751), et en respectant le principe de proportionnalité entre la faute et la sanction.
Fonctionnaire vs secteur privé : le tableau comparatif
| Critère | Fonction publique | Secteur privé |
|---|---|---|
| Fondement juridique | Décret 86-442 + CGFP | Art. L.1226-1 CT + Code de la Sécurité sociale |
| Qui contrôle | Médecin agréé désigné par l’administration | Médecin contrôleur mandaté par l’employeur ou médecin conseil CPAM |
| Initiative | Administration (autorité hiérarchique) | Employeur (contrat) ou CPAM |
| Instance de recours | Conseil médical (ex-comité médical) | Prud’hommes / TASS (contentieux spécifique Sécurité sociale) |
| Sanction si refus | Suspension traitement + discipline statutaire | Arrêt du complément employeur, sanction disciplinaire possible, suspension IJSS par CPAM |
| Arrêt long (>6 mois) | CLM (3 ans) / CLD (5 ans) avec avis du conseil médical | Régime ALD Sécu + convention collective pour le complément employeur |
À retenir — Un employeur privé qui emploie un fonctionnaire détaché ou mis à disposition ne peut pas exercer de contre-visite médicale selon le régime privé : il doit passer par l’administration d’origine qui saisira un médecin agréé. Les règles applicables sont celles du statut d’accueil, pas celles du contrat de travail privé.
Cas particuliers : CLM, CLD, maladie professionnelle
Le congé de longue maladie (CLM) est ouvert lorsque la maladie est grave, invalidante et nécessite un traitement prolongé (art. L.822-6 CGFP pour la FPE). Durée maximale : 3 ans, dont 1 an à plein traitement et 2 ans à demi-traitement. Prolongations et renouvellements passent par avis du conseil médical.
Le congé de longue durée (CLD) est réservé à cinq maladies limitativement énumérées : tuberculose, maladie mentale, cancer, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis (art. L.822-12 et suiv. CGFP). Durée maximale : 5 ans (dont 3 ans à plein traitement et 2 ans à demi-traitement), portée à 8 ans si la maladie a été contractée dans l’exercice des fonctions.
En cas d’accident de service ou de maladie professionnelle, l’agent perçoit son plein traitement pendant toute la durée de l’incapacité temporaire, sans condition de durée (art. L.822-16 et suiv. CGFP). L’imputabilité doit être reconnue par l’administration, après avis du conseil médical si elle est contestée.
FAQ — Contrôle arrêt maladie fonctionnaire
Un fonctionnaire peut-il être contrôlé à tout moment de son arrêt ?
Oui. L’administration peut saisir un médecin agréé à tout moment de l’arrêt, notamment si l’arrêt se prolonge ou si elle a un doute sur son bien-fondé. Il n’y a pas de délai de carence ou de fréquence maximale fixé par les textes, contrairement à certaines règles du secteur privé.
Que se passe-t-il si le fonctionnaire refuse le contrôle ?
Le refus injustifié place l’agent en position irrégulière. L’administration peut interrompre le versement du traitement dès constatation de l’absence injustifiée et engager une procédure disciplinaire. Les sanctions possibles vont de l’avertissement à la révocation selon la gravité.
Qu’est devenu le comité médical depuis 2022 ?
Il a été fusionné avec la commission de réforme pour donner naissance au conseil médical, opérationnel depuis le 1er février 2022 (décret n° 2022-350 du 11 mars 2022). Cette instance unique siège en formation restreinte ou plénière selon la complexité du dossier.
Un agent contractuel de la fonction publique suit-il les mêmes règles ?
Partiellement. Le décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 prévoit pour les contractuels de la FPE un contrôle par médecin agréé similaire, mais les congés maladie et les durées indemnisées suivent largement les règles du régime général de la Sécurité sociale, avec des spécificités par ancienneté.
Quelle différence avec la contre-visite médicale du secteur privé ?
Dans le privé, l’employeur mandate directement un médecin contrôleur (souvent via une société spécialisée) pour vérifier un arrêt, et la CPAM contrôle en parallèle le versement des IJSS. Dans la fonction publique, c’est l’administration qui saisit un médecin agréé inscrit sur une liste préfectorale — il n’existe pas de « contre-visite employeur » au sens du privé.
Le fonctionnaire peut-il contester la décision du médecin agréé ?
Oui. En cas de désaccord entre le médecin traitant et le médecin agréé, le dossier est transmis au conseil médical qui statue. La décision administrative qui s’ensuit est également susceptible d’un recours gracieux puis d’un recours devant le tribunal administratif.
Employeur privé confronté à un agent public en arrêt ?
Détachement, mise à disposition, agent contractuel sous convention : chaque situation appelle une procédure différente. Échangez avec un expert pour identifier la voie applicable et sécuriser votre démarche.
Demander un rappel sous 2h ouvrées👉 Pour approfondir les règles applicables au secteur privé, consultez notre guide « Comment se passe un contrôle arrêt maladie ? » et notre comparatif « Contrôle employeur ou CPAM ? ».
Sources citées : Code général de la fonction publique (art. L.822-6 et suiv.) ; Décret n° 86-442 du 14 mars 1986 ; Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 ; Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 ; Décret n° 88-386 du 19 avril 1988 ; Ordonnance n° 2020-1447 du 25 novembre 2020 ; Décret n° 2022-350 du 11 mars 2022 ; Art. 313-1 du Code pénal ; CE 17 avril 2013 n° 348751. Ce guide est à vocation informative et ne se substitue pas à un conseil juridique individualisé.