Le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2027 a été enregistré à l’Assemblée nationale le 1er octobre 2026. Avec le projet de loi de finances déposé le même jour, il prévoit trois changements qui touchent les arrêts de travail : une CSG plus lourde et un impôt sur certaines indemnités journalières, un suivi coordonné des arrêts longs et un objectif d’économies sur les IJ. Rien n’est encore adopté.
Les annonces de septembre ont désormais un texte. Ce texte ne touche ni au délai de carence ni à la contre-visite demandée par l’employeur. Il modifie en revanche la fiscalité des indemnités journalières, ce qui fera baisser leur montant net, et organise la coordination des médecins autour des salariés arrêtés plus de trente jours.
Une CSG alignée et un impôt sur les IJ ALD et AT/MP
L’article 2 du projet de loi de finances pour 2027 (n° 3210) réécrit l’article 80 quinquies du Code général des impôts. Les indemnités journalières versées en cas d’affection de longue durée (ALD) deviendraient imposables à hauteur de 50 %. Celles des accidents du travail et maladies professionnelles perdraient leur exonération partielle et deviendraient imposables en totalité. Le même article supprime le taux réduit de CSG applicable aux IJ maladie et AT/MP.
Le PLFSS en tire les conséquences. Son article 14 répartit le produit de la CSG prélevée sur les IJ maladie entre les branches, pour un total de 9,2 %, soit le taux appliqué aux revenus d’activité. L’exposé du texte chiffre cette hausse de 3 points à 0,4 milliard d’euros de recettes en 2027. La fiscalisation des IJ ALD et AT/MP rapporterait 1 milliard d’euros la même année.
| Mesure | Texte | Effet pour l’employeur |
|---|---|---|
| CSG des IJ maladie et AT/MP alignée sur les revenus d’activité | PLF 2027, article 2 ; PLFSS 2027, article 14 | IJ nette plus faible : vérifier les garanties qui maintiennent un salaire net |
| IJ ALD imposables à 50 %, IJ AT/MP imposables en totalité | PLF 2027, article 2 | En subrogation, paramétrage de la retenue à la source à revoir avec l’éditeur de paie |
| Concertation des médecins pour les arrêts de plus de 30 jours | PLFSS 2027, article 20, au 1er juillet 2027 | Rôle accru du service de prévention et de santé au travail |
| Délai de carence et contre-visite employeur | Aucune disposition dans le texte déposé | Rien à modifier à ce stade |
Pour un salarié, l’effet est direct : à indemnité brute égale, l’IJ versée sera plus faible. Pour l’entreprise, tout dépend de la garantie appliquée. Le maintien de salaire légal de l’article L. 1226-1 du Code du travail se calcule sous déduction des IJ. Un accord ou un contrat de prévoyance qui garantit un salaire net pourrait en revanche absorber une partie de la baisse. Il faut lire les clauses avant de chiffrer quoi que ce soit.
Arrêts de plus de trente jours : trois médecins autour du salarié
L’article 20 du PLFSS 2027 (n° 3211) crée un article L. 323-4-2 dans le Code de la sécurité sociale. Pendant tout arrêt de plus de trente jours, lorsque le salarié présente un risque de désinsertion professionnelle, le médecin traitant ou le spécialiste, le médecin du service du contrôle médical et le médecin du travail pourront tenir une réunion de concertation. L’un d’eux en prend l’initiative et doit recueillir l’accord du salarié, informé au préalable.
Par dérogation au secret médical, ces professionnels pourront échanger les informations strictement nécessaires pour évaluer la situation, préparer le retour à l’emploi ou orienter vers un accompagnement. Les modalités seront fixées par décret en Conseil d’État après avis de la Cnil. Les coordonnées du médecin du travail seront versées au dossier médical partagé et l’article L. 4622-8-1 du Code du travail confie au service de prévention et de santé au travail une mission de contribution à ces actions. Entrée en vigueur prévue : 1er juillet 2027.
Cette concertation reste une affaire de médecins. L’employeur n’y participe pas et n’a pas accès aux informations échangées. Elle ne remplace ni la visite de reprise, ni le rendez-vous de liaison, ni le contrôle médical que l’employeur peut demander lorsqu’il verse un complément de salaire.
Le contrôle médical d’un arrêt maladie à la demande de l’employeur reste donc régi par les mêmes règles. La contre-visite vérifie la justification de l’arrêt à une date donnée ; la concertation prévue par le PLFSS vise le retour au travail des salariés absents depuis longtemps. Les deux démarches ne se confondent pas.
Un milliard d’économies sur les IJ, sans mesure détaillée
L’exposé de l’objectif national de dépenses d’assurance maladie prévoit 5,1 milliards d’euros d’économies nouvelles, dont 1 milliard sur les indemnités journalières. Le texte déposé ne contient aucun article qui modifie le délai de carence, le calcul des IJ maladie ou le partage des premiers jours entre l’Assurance maladie et l’employeur. Ce volet dépend toujours de la concertation annoncée en septembre et décrite dans notre article sur l’objectif de 2 milliards d’économies.
Le texte recense aussi des mesures réglementaires de 2026 qui produiront leurs effets en 2027 : la limitation à un an des arrêts longs hors ALD exonérante et la baisse du plafond de salaire servant au calcul des IJ AT/MP. Côté branche AT/MP, il annonce une réforme de la tarification des entreprises pour 0,3 milliard d’euros, concertée avec les partenaires sociaux, ainsi qu’une hausse des taux AT/MP compensée par une baisse des cotisations maladie.
- Relire vos garanties. Convention collective, accord d’entreprise, prévoyance : repérez celles qui garantissent un salaire net et seraient touchées par la hausse de la CSG.
- Prévenir la paie. En subrogation, la retenue à la source sur les IJ passe par le bulletin : demandez à votre éditeur comment il intégrera une fiscalisation adoptée.
- Suivre le débat. Le texte sera amendé à l’Assemblée puis au Sénat ; seule la loi promulguée et ses décrets s’appliqueront.
Au 5 octobre 2026, le PLFSS et le PLF pour 2027 ne sont que des projets. Les mesures sur la CSG et l’impôt des IJ s’appliqueraient après adoption, la concertation des médecins au 1er juillet 2027. Le délai de carence et la contre-visite employeur ne sont pas modifiés par les textes déposés.
Sources consultées le 5 octobre 2026 : projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2027, n° 3211, enregistré le 1er octobre 2026, articles 14 et 20 et exposés des motifs ; projet de loi de finances pour 2027, n° 3210, article 2 ; Code du travail, article L. 1226-1.
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